哈密维吾尔族首领额贝都拉摆脱准噶尔部归附清朝后，于康熙三十七年（1698年）秋进京，第二年返回时，从京城请来了汉族工匠设计修建王府和回城，费时七年方峻工。重建后的王府规模宏大，建筑构造既体现了伊斯兰古典建筑的艺术风格，又融合了汉族建筑艺术的特点。

王府土墙高台，琉璃瓦顶，飞檐斗拱，园林交错，是当时新疆境内规模最大，最具特色的一座宫廷建筑。后又经过几代回王的修缮加工和经营扩建，至七世回王伯锡尔时，已成为一个宅园相连，宏伟壮观的园林建筑群。同治五年（1864年），阿古柏叛军攻打哈密，杀害伯锡尔并烧毁王府。同治十二年秋，陕西回民义军头目白彦虎攻进回城，王府又遭掠夺。

光绪八年（1882年），九世回王沙木胡索特袭位后，对王府进行了扩建和翻修。扩建后的王府面积占回城的四分之一，有房800多间，大小九道门楼。正门楼为中西合壁结构，飞檐起脊，画栋雕梁，绿琉璃瓦顶。整体建筑分为内外二宫，内宫地面与城墙同高，外形是城楼式的宫殿。

民国19年（1930年）6月，沙木胡索特病故。次年，农民暴动，驻哈密省军进占回城，为寻找财宝，将这座有二百年历史的回王府“付之一炬，夷为平地”，连有数百年历史的“贮藏经典之库”也随大火化为灰烬。

现在的哈密回王府地处哈密市回城乡阿勒屯村（哈密王陵隔壁），是哈密市委、市政府于2003年开始筹建的以弘扬爱国主义和民族团结为主题的旅游景区，工程得到了广东省及援疆干部的大力支持。重建的回王府分三期建设，目前，一期工程（王爷台）已竣工，占地59.68亩，投资2000余万元。

建成的王爷台分为两部分，台上仿古建筑（单体建筑13个，建筑面积1400平方米），台下为二层框架结构（建筑面积约14000平方米），主要项目有台吉议事处、回王宫大殿、回王寝宫、配殿、清真寺、角亭等。

哈密回王府座落于哈密市回城乡。是在原蒙古王府的基础上于清康熙四十五年（1706年）重建的。